Zaštita ljudskoga zdravlja jedna je od osnovnih zadaća vodnog gospodarstva. Okvirnom direktivom o vodama uspostavlja se okvir za zaštitu kopnenih površinskih voda, prijelaznih voda, obalnih voda i podzemnih voda. Time se želi spriječiti i smanjiti onečišćenje, promicati održivu uporabu vode, zaštititi i poboljšati vodni okoliš te ublažiti učinke poplava i suša. Opći je cilj postići dobro stanje okoliša za sve vode. Od država članica traži se stoga da sastave takozvane planove upravljanja riječnim slivom temeljene na prirodnim zemljopisnim riječnim slivovima kao i konkretne programe mjera za postizanje tih ciljeva.
Okvirnu direktivu o vodama potkrepljuju usmjerenije direktive, tj. Direktiva o podzemnim voda, Direktiva o vodi za piće i Direktiva o vodi za kupanje, Direktiva o nitratima, Direktiva o pročišćavanju komunalnih otpadnih voda, Direktiva o standardima kvalitete okoliša i Direktiva o poplavama:
u Direktivi o zaštiti podzemnih voda od onečišćenja i pogoršanja stanja navode se posebni kriteriji za ocjenjivanje dobrog kemijskog stanja, utvrđivanje znatnih i trajno rastućih trendova te određivanje polaznih točaka za promjenu trenda. Sve granične vrijednosti za onečišćujuće tvari (uz izuzeće nitrata i pesticida, za koje su ograničenja postavljena specifičnim zakonodavstvom EU-a) uspostavljaju države članice.
Voda nije komercijalan proizvod nego opće dobro i ograničen resurs koji je potrebno zaštititi i upotrebljavati na održiv način i u pogledu kvalitete i u pogledu količine. Međutim, pritisak na taj resurs velik je zbog brojnih načina uporabe u raznim sektorima, poput poljoprivrede, turizma, prometa i energije. Komisija je 2012. donijela Plan zaštite Europskih vodnih resursa, dugoročnu strategiju čiji je cilj zajamčiti da za sve legitimne uporabe na raspolaganju bude dovoljna količina kvalitetne vode, što će se postići tako da se bolje provodi postojeća vodna politika EU-a, integriraju ciljevi vodne politike u druga politička područja te popune praznine u sadašnjem okviru. Planom se predviđa da države članice uvedu vodne račune i ciljeve u pogledu učinkovite uporabe vode te da izrade standarde EU-a za ponovnu uporabu vode.